El primer episodio comienza con el misterioso suicido de una estudiante, Chisa Yomoda. Chisa-chan era compañera de clase de Lain Ikawura, una tranquila colegiala catorceañera. Una de las otras chicas de clase ha estado recibiendo e-mails de Chisa-chan, y Lain descubre que ella también tiene correo de Chisa. En el mail explica a Lain que simplemente ha abandonado su cuerpo. Ella le asegura que continua viviendo en el mundo de la red. Después de conseguir un nuevo "navi" y añadirle un circuito "psyche", Lain se pasa mas y mas tiempo en la red. Esto hace que Lain tenga dos personalidades, y la personalidad original de Lain esté cambiando. ¿Quién es Lain? ¿Quiénes son los "knights"? ¿Puede la red influir en el mundo real a través de una profecía? ¿El mundo real no es más que un holograma de la información de la red?

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